Федеральное государственное бюджетное учреждение науки "Научный центр биомедицинских технологий Федерального медико-биологического агентства" (ФГБУН НЦБМТ ФМБА России) организовано в соответствии с Постановлением 11(74) сессии Общего собрания РАМН «Медицинские проблемы биобезопасности», в целях развития биологической медицины, экспериментального биомоделирования, противодействия биотерроризму и создания новых средств биозащиты, постановлением Президиума РАМН от 29 мая 2002 года.
28 января 2013 г. постановлением Правительства Российской Федерации Центр был передан в ведение Федерального медико-биологического агентства распоряжением Правительства Российской Федерации от 28.01.2013 №62-р, переименован приказом Федерального медико-биологического агентства от 28.01.2013 №2у в Федеральное государственное бюджетное учреждение науки «Научный центр биомедицинских технологий Федерального медико-биологического агентства».
Директором Центра был назначен доктор медицинских наук, профессор Владислав Николаевич КАРКИЩЕНКО.